Un assemblage génomique de haute qualité et son annotation détaillée sont des éléments clés pour soutenir le développement d’outils de diagnostic par la génomique utilisables dans les programmes d’amélioration des épinettes et pour améliorer notre compréhension fondamentale de la structure et des fonctions du génome coniférien.

Dans des travaux antérieurs du projet SMarTForests (www.smartforests.ca), nous avons mis au point des assemblages génomiques pour certains génotypes d’épinette blanche et d’épinette de l’intérieur utilisés dans les programmes canadiens d’amélioration de l’épinette. Ces assemblages de génomes conifériens ainsi que d’autres sont caractérisés par différents niveaux de finition. En général, des améliorations à la contiguïté d’assemblage de ces génomes s’avèrent nécessaires, y compris une contiguïté améliorée de l’espace génique. Cette activité du projet Spruce-Up s’appuie sur le fait que les améliorations apportées aux technologies de séquençage et aux nouveaux paradigmes d’algorithmes offrent des possibilités d’améliorer substantiellement ces assemblages.

 

 

En utilisant des plates-formes de séquençage établies (Illumina) et nouvelles (10x et Oxford Nanopore), nous produisons des données visant à améliorer la contiguïté des séquences existantes des génomes de l’épinette blanche, de l’épinette de l’intérieur et de l’épinette de Sitka.

Nous développons des algorithmes (Konnector) pour l’assemblage de longues pseudo-lectures et nous nous concentrons sur la fermeture des lacunes d’échafaudage en utilisant nos programmes bioinformatiques existants (Sealer). Nous développons des algorithmes ajustables pour les alignements de lectures jusqu’aux grandes cibles non statiques (DIDA). Nous développons également une procédure (UniqTag) facilitant l’identification stable des gènes d‘un assemblage à l’autre, ce qui réduira les défis reliés aux mises à jour d’annotations entre diverses versions d’assemblage.

Objectifs

  • Produire des assemblages de séquence génomique de haute qualité pour l’épinette blanche, l’épinette de l’intérieur et l’épinette de Sitka.
  • Développer des annotations détaillées pour les gènes et les SNPs, et développer un nouvel outil de génotypage pour l’épinette de Sitka, ciblant les SNPs géniques en lien avec les besoins de nos partenaires utilisateurs des résultats et nos collaborateurs internationaux.