SNPs d’épinette blanche
Un atlas de plus de 200 000 SNPs de gènes a été développé pour l’épinette blanche (Picea glauca), avec un taux de vrais positifs de 92% (Pavy et al 2013a). Ces SNPs de haute qualité sont représentatifs de plus de 17 000 gènes exprimés tel que répertoriés dans le catalogue des gènes exprimés de l’épinette blanche (Rigault et al 2011; ftp://ftp.gydle.com/pub/arborea). Le taux de vrais positifs a été déterminé par génotypage en utilisant des puces Illumina Infinium à haut débit (Pavy et al 2013b). Des travaux sont en cours pour augmenter cette ressource. Les SNPs de haute qualité ont été déposés dans la base de données publiques dbSNP du NCBI (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/snp_viewBatch.cgi?sbid=1058878).
Une population de découverte de 1694 arbres représentatifs de 214 familles issues de pollinisation libre et provenant de 43 populations naturelles a été phénotypée pour 12 caractéristiques du bois et de la croissance, et génotypée pour 6385 polymorphismes de nucléotide unique (SNPs) représentatifs de 2660 gènes annotés distincts. Les données de génotypage sont accessibles dans le répertoire digital Dryad : https://doi.org/10.5061/dryad.6rd6f.
SNPs d’épinette noire
Un atlas de près de 100 000 SNPs de gènes a été développé pour l’épinette noire (Picea mariana), avec un taux de vrais positifs de 96% (Pavy et al 2016). Ces SNPs de haute qualité sont représentatifs de près de 15 000 gènes selon la nomenclature du catalogue de gènes exprimés de l’épinette blanche (Rigault et al 2011). Le taux vrais positifs a été déterminé par génotypage en utilisant une puce Illumina Infinium à haut débit (Pavy et al 2016). Les SNP ont été déposés dans la base de données publiques dbSNP du NCBI (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/snp_viewBatch.cgi?sbid=1059737).
SNPs d’épicéa commun (épinette de Norvège)
Un registre de près de 60 000 SNPs de gènes a été développé pour l’épicéa commun (Picea abies), ainsi qu’une puce de génotypage à haut débit de type Illumina Infinium (Azaiez et al 2018). Ces SNPs de haute qualité sont représentatifs de près de 14 000 gènes selon la nomenclature du catalogue de gènes exprimés de l’épinette blanche (Rigault et al 2011). Le registre des SNPs annotés est disponible à https://bmcgenomics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12864-018-5247-z sous Additional file 1.
Un total de 726 arbres ont été génotypés avec une puce Infinium iSelect de 5571 SNPs représentatifs d’autant de gènes annotés distincts, et qui a été assemblée à partir d’un catalogue de SNPs de haute confiance obtenus à partir de la capture et du séquençage de l’exome (Azaiez et al., 2018). Les SNPs ainsi que la description de la puce sont disponibles dans l’European Variation Archive (EVA, https://www.ebi.ac.uk/eva/, accession number PRJEB27427).
Autres épicéas
Des travaux sont en cours pour produire des registres similaires de SNPs de gènes pour l’épinette de Sitka (Picea sitchensis) et l’épinette d’Engelmann (Picea engelmannii).